Σύμφωνα με το νόμο 3649/2008 αποστολή της είναι η εντός του πλαισίου του Συντάγματος και των νόμων αναζήτηση, συλλογή, επεξεργασία και γνωστοποίηση στις αρμόδιες αρχές των πληροφοριών που αφορούν:
Στην προστασία και προώθηση των πολιτικών, οικονομικών, στρατιωτικών και εν γένει εθνικών στρατηγικών συμφερόντων της Χώρας.
Στην πρόληψη και αντιμετώπιση δραστηριοτήτων που συνιστούν απειλή κατά του δημοκρατικού πολιτεύματος, των θεμελιωδών δικαιωμάτων του ανθρώπου, της εδαφικής ακεραιότητας και της εθνικής ασφάλειας του Ελληνικού Κράτους, καθώς και του εθνικού πλούτου της Χώρας.
Στην πρόληψη και αντιμετώπιση δραστηριοτήτων τρομοκρατικών οργανώσεων, καθώς και άλλων ομάδων οργανωμένου εγκλήματος. Η Ε(λ).Υ.Π. σε περίοδο πολέμου, επιστράτευσης ή άμεσης απειλής της εθνικής ασφάλειας υπάγεται στον Αρχηγό Γ.Ε.ΕΘ.Α., ο οποίος, δια του Διοικητή της Ε(λ).Υ.Π., ασκεί πλήρη έλεγχο σε ό,τι αφορά τη συμβολή της στην άμυνα και την ασφάλεια της Χώρας. Στην περίπτωση οποιασδήποτε δράσης που αποβλέπει στη βίαιη κατάλυση του δημοκρατικού πολιτεύματος, η Ε(λ)-.Υ.Π., μετά από απόφαση του ΚΥ.Σ.Ε.Α., λειτουργεί ως κεντρική υπηρεσία διαχείρισης πληροφοριών της Χώρας.
